2018

• Martin Šorm získal "Visegrad Group Academies Young Researcher Award v soutěži určené mladým vědcům do 35 let z ústavů některé z Akademií V4.

2017

• Prof. Petr Sommer oceněn Národní cenou vlády ČR Česká hlava za rok 2017
• Prof. František Šmahel získal Cenu Neuron za přínos světové vědě

2016

• Prof. Josef Žemlička získal čestnou oborovou medaili Františka Palackého za zvláště záslužnou činnost a vynikající výsledky vědecké práce a také Cenu Vlastimila Kybala za dlouholetou práci v oblasti kultury

2015

• Prof. Petr Sommer byl zvolen řádným členem Učené společnosti ČR
• Výstava Otevři zahradu rajskou. Benediktini v srdci Evropy 800–1300 oceněna v rámci národní soutěže Gloria musaealis pořádané Ministerstvem kultury České republiky, Asociací muzeí a galerií České republiky a Českým výborem ICOM Cenou českého výboru ICOM za nejvýznamnější výstavní počin roku 2014 s mezinárodním přesahem
• Kniha Husitské století (ed. Pavlína Cermanová, Robert Novotný a Pavel Soukup) byla v anketě časopisu Dějiny a současnost zvolena nejlepší historickou knihou roku 2014

2014

• prof. Petru Sommerovi udělil předseda AV ČR čestnou oborovou medaili Františka Palackého za zásluhy v historických vědách
• prof. Františku Šmahelovi udělila AV ČR Pamětní medaili Jana Patočky za celoživotní významnou vědeckou činnost
• PhDr. Martin Musílek získal Cenu Badatelského a nadačního fondu Anny a Jaroslava Krejčích za nejlepší disertační práci v oblasti integrovaných společenských věd

2013

• prof. František Šmahel oceněn Národní cenou vlády ČR Česká hlava za rok 2013
• prof. Petr Sommer oceněn Cenou ministra školství, mládeže a tělovýchovy ČR za mimořádné výsledky výzkumu, experimentálního vývoje a inovací
• prof. František Šmahel, Pavlína Mašková a Robert Novotný byli za publikaci Lucemburkové. Česká koruna uprostřed Evropy oceněni Cenou Akademie věd České republiky za dosažené vynikající výsledky velkého vědeckého významu
• prof. František Šmahel, Pavlína Mašková a Robert Novotný byli za publikaci Lucemburkové. Česká koruna uprostřed Evropy oceněni Cenou Nadace Český literární fond za vědeckou literaturu v oblasti společenských věd

2012

• prof. Jan Klápště oceněn cenou Early Slavic Studies Association Book Prize 2012 (The Ohio State University) za knihu The Czech Lands in Medieval Transformation, která vyšla v součinnosti FF UK a CMS

2011

• prof. František Šmahel vyznamenán cenou Společnosti pro vědy a umění - Award of the Czechoslovak Society of Arts and Sciences

2010

• Knize Přemyslovci. Budování českého státu uděleny Cena rektora Univerzity Karlovy za nejlepší vědeckou publikaci roku 2009, Cena Akademie věd ČR a Výroční cena Českého literárního fondu za vědeckou literaturu

2009

• Františku Šmahelovi udělena čestná medaile De scientia et humanitate optime meritis Akademie věd ČR
• Martin Nejedlý jmenován předsedou vlády Francouzské republiky rytířem Řádu akademických palem
• kniha Přemyslovci. Budování českého státu uvedena v projevu předsedy AV ČR na 35. Akademickém sněmu jako nejvýznamnější výsledek AV v oblasti humanitních a společenských věd za poslední období

2008

• prof. František Šmahel oceněn Medailí Učené společnosti Za zásluhy o rozvoj vědy
• prof. Petr Sommer obdržel Cenu nakladatelství Vyšehrad Kniha roku 2007

2007

• prof. František Šmahel oceněn čestným doktorátem Univerzity Pardubice a čestným doktorátem Jihočeské univerzity za vynikající badatelskou činnost
• prof. František Šmahel zvolen Corresponding Fellow Medieval Academy of America za vynikající badatelskou činnost
• dr. Dušan Třeštík oceněn Medailí Vojtěcha Náprstka za popularizaci vědy

2006

• prof František Šmahel oceněn doktorátem honoris causa univerzity v Hradci Králové a Medailí ministryně školství, mládeže a tělovýchovy 1. stupně
• prof. František Šmahel zvolen členem European Academy of Sciences and Arts